A instituição foi fundada por seis pais que buscavam acesso à educação para seus filhos com deficiência intelectual. Com o apoio e orientação de voluntários de outras APAEs da região, especialmente de Franco da Rocha, a APAE de Francisco Morato iniciou suas atividades em uma sala cedida pelo Centro Social Urbano (CSU).

Após dois anos de muito trabalho, a Prefeitura cedeu em regime de comodato o terreno onde foi construída a sede atual e as salas de atendimento, localizadas na Rua Almeida Nogueira, 44.

A APAE firmou um importante convênio com a Secretaria Estadual de Educação de São Paulo, assegurando na época o atendimento escolar estruturado para 60 alunos.

Implantação do serviço de Educação para o Trabalho. O que começou com foco em trabalho apoiado e geração de renda evoluiu, a partir dos anos 2000, para a inserção direta e formal de nossos assistidos no mercado de trabalho (regime CLT).

Criação do Núcleo de Atendimento à Primeira Infância. A instituição passou a atender bebês e crianças de 0 a 5 anos, focando na prevenção de deficiências, reabilitação precoce e acolhimento familiar.

Ampliação do convênio educacional para o atendimento de 85 alunos na Escola de Educação Especial. Nossos programas seguem em constante evolução, moldados pelas necessidades reais da comunidade moratense.